En réponse au message de superpositoire59 :
Alors il s'était passé quoi en fait ? xD
Le serveur était en surcharge permanente malgré la grosse configuration de celui-ci.
J'ai eu beau cherché pendant presque 48 heures pour ne jamais rien trouvé qui puisse expliquer cela.
Là je viens de changer le noyau (le système) du serveur pour un plus récent et magie, tout est revenu à la normale et le serveur semble répondre même plus vite qu'avant.